John Francis, dit Jaco, Pastorius naît en 1951 en Pennsylvanie. Son père, musicien professionnel (batteur et chanteur) est d'origine allemande et sa mère d'origine finnoise. Il a 7 ans quand sa famille s'installe en Floride. C'est là que Jaco passe son enfance et s'imprègne de toutes les musiques qu'il peut entendre (musique des Caraïbes, jazz, Rhythm and Blues, rock...).
Il s'initie au piano, à la guitare et même au saxophone. À 15 ans, après une nouvelle opération au bras, il adopte définitivement la basse. Il utilise une basse fretless qu'il s'est bricolée à partir d'une Fender Jazz Bass 1962 en y enlevant les frettes, en recouvrant le manche de plusieurs couches d'un vernis epoxy et en y adaptant des cordes à « filets ronds ».
Il joue, un temps, sur des bateaux de croisière (il va croiser les musiciens des Wailers et découvrir le reggae en Jamaïque). Il fait une très longue tournée avec les C.C. Riders (alias Cochran's Circuit Riders), le groupe du chanteur Wayne Cochran. Pastorius considérera toujours cette tournée comme la période la plus heureuse de sa vie.
Jaco Pastorius est un musicien clé dans l'histoire de la guitare basse. À l'instar de Jimi Hendrix pour la guitare ou de Charlie Parker pour le saxophone, Pastorius a révolutionné l'approche de son instrument. Par sa virtuosité, son inventivité, son sens du groove, son exploration de toutes les ressources de l'instrument (rythmiques, mélodiques, harmoniques... mais aussi des spécificités des instruments « amplifiés »: larsen, utilisation de pédales d'effets, il a inspiré des milliers de bassistes. Il y a un « son Pastorius » qu'on retouve encore aujourd'hui chez de nombreux musiciens.
Plus largement, Jaco Pastorius a apporté au jazz un vent de folie (il n'est pas innocent qu'une de ses composition soit titrée « Punk jazz ») jusqu'alors étranger à ce style de musique.Il fait une magnifique prestation sur "black market" lors d'un concert à la Stadthalle à Offenbach (Allemagne)
Pastorius était aussi un compositeur remarquable. On lui doit des titres qui sont devenu des standards de jazz : « Continuum », « Portait of Tracy », « Three views of a secret », « Teen town », « Liberty city », « Reza », « Used to be a cha cha », « River people », « Opus pocus »...